تشمل التجارة الإلكترونية نوعين أساسين : الأول خاص بالأعمال المهنية Business to Business (B2B) ويكون عادة بين الشركات التي تربطها مصالح مشتركة، والثاني بين الشركات والمستهلكين Business to Constumer (B2C) وهو الشائع بين المستهلك العادي والبائع. ومع أن النوع الثاني انتشر بشكل واسع مع انتشار الإنترنت ووصولها إلى عدد كبير من الأشخاص إلا أن النوع الأول هو الأهم اقتصادياً ويعود على الشركات التي تستخدمه بأرباح كبيرة.
تجري عمليات التجارة الإلكترونية من نوع B2B بين الشركات التي تتبادل المعلومات والبضائع عادة فيما بينها والتي ترتبط عادة بعقود رسمية وقانونية. يُتبادل في هذه الحالة أنواع معينة ومحددة من البضائع أو الخدمات وبأسعار متفق عليها بشكل مسبق. تجري المبادلات التجارية في هذه الحالة على شبكات خاصة تربط الشركات فيما بينها أو على شبكة الإنترنت، وتتميز المبادلات في كلتا الحالتين بوثوقية عالية وبأمان في نقل المعلومات. وتكون المبادلات في هذا النوع من التجارة الإلكترونية معقدة، وتعكس إلى حد كبير المبادلات التجارية المعتادة بين الشركاء في عملية اقتصادية. يقتصر الولوج إلى هذه الشبكات أو الخدمات الخاصة على فئة معينة ومحددة من الأشخاص والشركات، ولكن هذا النوع من التجارة الإلكترونية يتمتع بمهنية ووثوقية عالية كما أن عائداته المادية ومهمة جداً.
أما مبادلات التجارة الإلكترونية من نوع B2C فتجري على شبكة الإنترنت حصراً، وهي متاحة لجميع مستخدمي الشبكة العالمية. تتميز مبادلات هذا النوع ببساطتها وتقتصر غالباً على عمليات استعراض المنتجات وعمليات التسوق. ولإمكانية استخدام هذا النوع من التجارة الإلكترونية من جميع مستخدمي الإنترنت، فغالباً ما تكون مبادلاته أقل وثوقية وحماية من مبادلات B2B على الجهود التي تبذلها الشركات البرمجية في مجال حماية المعلومات وأمنها.
تُميز في التجارة الإلكترونية أيضاً تطبيقات خاصة بالمؤسسات والهيئات الإدارية والشركات المهنية. ويمكن لمستخدم الشبكة العالمية الولوج إلى التطبيقات من نوع B2C فقط، أما فيما يتصل بنوع B2B فلا بد من الاشتراك بشكل مسبق.